モスクワ公国（1283～1547年）の記録にウオツカに関する記録があり、12世紀にはロシアの地酒として飲まれていたようだ。また11世紀頃のポーランドにはすでに穀類からつくる蒸溜酒が存在していたともいわれている。
だがウオツカがいつ頃からつくられていたかは明確にはわからない。
穀類を原料にして蒸溜酒をつくる、といっても、その当時に新大陸原産のトウモロコシやジャガイモがあるはずはなく、ライ麦からつくったビールか蜂蜜酒を蒸溜していたのではないかと推測されている。また近隣の東欧、北欧の地でも似たようなスピリッツがつくられていたであろう。
19世紀はじめに連続式蒸溜機が発明される以前は、粗末なポットスチル（単式蒸溜器）で蒸溜していたため雑味が多く、ハーブ類で香りをつけることも多かったようだ。
1810年に、できあがったウオツカを白樺炭で濾過する方法がロシアで考案され、さらには19世紀後半に連続式蒸溜機が導入された。このふたつの技術によりクリーンで臭みが少なく微妙な風味を持つ、現在のウオツカの原型ができあがった。
ウオツカが広まり、いまのように世界の国々で製造されるようになったきっかけは1917年のロシア革命以降のことになる。革命により亡命した白系ロシア人が、亡命先の国々でウオツカ製造をはじめるようになった。
とくにアメリカでは1933年に禁酒法が撤廃されるとウオツカ製造が盛んになり、それによりウオツカをジュースで割るカクテルが流行する。1974年には消費量がバーボンウイスキーを抜き、アメリカの蒸溜酒部門でウオツカがトップの座に着く。ロシアやポーランドといった地域発祥の酒がアメリカのナショナルドリンクになったのだ。そしていま、ウオツカ生産量がいちばん多い国はアメリカである。
現在はアメリカをはじめさまざまな国々でクラフト蒸溜所の立ち上げがつづき、ウオツカ市場は多様化してきた。「ピナクル」をはじめとしたフレンチウオツカの評価も高まってきている。
サントリーは2019年に原料に国産精白米を100％使用した「ジャパニーズクラフトウオツカHAKU」（2018年10月アメリカ先行発売）を発売。日本はもとよりアメリカで好評を得ている。

ロシアでは昔、蒸溜した酒をズィズネーニャ・ワダ（Zhiznennia Voda）と言った。"生命の水"をいうロシア語である。時代とともにズィズネーニャが落ち、やがて単にワダという名称になり、16世紀に愛称形のウオツカと呼ばれるようになった。
いまでもロシアでは、蒸溜した酒全般をウオツカと呼ぶことが多い。
ポーランドではWODKAと綴り、ヴォトカと発音する。